Vers 1250 une nouvelle communauté, que les textes des XIIIe et XIVe siècles appellent Malijacio ou Villefranche, fut reconstituée le long de la rive droite de la Bléone au niveau de son emplacement actuel. Le nom de Villefranche (Villa francha) rend bien l’idée de « ville nouvelle ». Le nouveau village se rapprochait de la voie antique Digne – Sisteron.

A la révolution, Malijai devient chef de canton et possède une société patriotique. Le 13 mai 1792, le château est attaqué par les paysans : les fusils sont pris, les gouttières en plomb sont fondues pour faire des balles et toute la ferronnerie arrachée.

Dans la nuit du 4 au 5 mars 1815, Napoléon I, à son retour de l’île d’Elbe, s’arrêta à Malijai, le temps que Cambronne s’occupe de la résistance de Sisteron car de sa citadelle, la ville pouvait couper le chemin de Paris. Il se reposa dans le château sur un fauteuil puis termina cette nuit au milieu de ses troupes campées dans le parc.

La Bléone provoqua des inondations catastrophiques en 1826 et surtout en 1860.

Le coup d’État du 2 décembre 1851 commis par Louis-Napoléon Bonaparte contre la Deuxième République provoque un soulèvement armé dans les Basses-Alpes, en défense de la Constitution. Après l’échec de l’insurrection, une sévère répression poursuit ceux qui se sont levés pour défendre la République : 8 habitants de Malijai sont traduits devant la commission mixte, la peine la plus courante étant la déportation en Algérie.

La Libération de Malijai est marquée par le passage d’une colonne de la 36^e division d’infanterie (US), le 19 août 1944, venant de Riez par Valensole et les Mées pour libérer Digne. Elle se trouve stoppée par la résistance allemande à l’entrée du village, En effet, le pont sur la Bléone, a été choisi par la Wehrmacht pour y installer un verrou, qui saute après de courts combats.

En 1974, la commune de Chénerilles est rattachée à Malijai.