Labellisé Musée de France, le muséum Henri Lecoq compte près de 650 000 objets et spécimens, présentés dans 5 départements scientifiques
Le département Histoire des sciences et techniques
Il conserve des collections qui retracent l'histoire des sciences et techniques du XVIe au XXIe siècle à travers des scientifiques de renom et des instruments.
Il préserve et enrichit une collection de machines à calculer mécaniques en lien avec deux originaux de la machine à calculer de Blaise Pascal.
Le département du Patrimoine écrit et graphique
Livres anciens, archives et documents iconographiques constituent ce fonds. On y trouve des notes et photographies, des inventaires anciens ainsi que des manuscrits constituent les archives scientifiques.
Le département de Botanique
Les herbiers sont des collections de plantes sèches conservées entre des feuilles de papier. Véritables archives scientifiques, les herbiers contiennent des informations sur la flore du Massif central et d'une grande partie de l'Europe, de 1790 à nos jours.
Le département de géologie
La Géologie est représentée par un département qui conserve près de 50.000 échantillons de roches, de minéraux et de fossiles.
Qu'ils aient été rassemblés par des scientifiques pour être étudiés afin de mieux comprendre la formation de la Terre et son évolution ou par des amateurs, ces spécimens forment les archives de notre planète dont ils rapportent les chroniques ; témoins et acteurs des événements qui ont fait l'histoire de la Terre au cours des temps.
Le département de biologie
Les collections de Vertébrés, de provenance régionale principalement et mondiale, sont constituées pour la plus grande partie des collections d'Henri-Lecoq : 700 mammifères naturalisés et spécimens ostéologiques, 2400 oiseaux naturalisés 2700 oeufs et nids d'oiseaux 700 poissons, amphibiens et reptiles conservés en liquide. Les collections entomologiques comptent 290000 insectes. Les collectes ont été effectuées à partir de la fin du XIXe siècle. Les collections de Mollusques comptent 120000 coquilles marines, terrestres et dulçaquicoles d'origines régionale et mondiale.
