Sous le régime de la Terreur (1793-1794), alors que France et Angleterre sont en guerre, Toulon se livre aux anglo-espagnols qui comptent occuper ce grand port militaire pour augmenter leur suprématie en Méditerranée.

A cette même période, à La Seyne, sur la colline Caire, les Anglais édifient la redoute Mulgrave, en terre et en bois pour renforcer les arrières des forts de Balaguier et de l’Eguillette.

Dans la nuit du 16 au 17 décembre 1793, les soldats français parviennent à la reprendre à l’ennemi après de violents combats. Napoléon Bonaparte y est présent en tant qu’ officier d’artillerie.

En 1811, Napoléon Bonaparte devenu Empereur décide, sur cette même colline Caire, de faire construire un fort militaire.
La construction débute en 1812 pour s’achever en 1821. Le fort Caire – il ne deviendra fort Napoléon que bien plus tard – ne participera jamais au moindre combat si ce n’est en 1944, lors de la libération du territoire.

En 1973, le fort est désarmé et acquis par la ville de La Seyne-sur-Mer qui a procédé à d’importants travaux de restauration.

En 1984, le fort Napoléon est ouvert au public. Depuis 1985, chaque été, le fort ouvre ses portes pour des concerts de musique, quand les conditions le permettent.